A aquaponia usa menos espaço e água, em comparação com o método tradicional do crescimento no solo. Os resíduos de peixe se acumulam na água tornando-a rica em nutrientes mas que são tóxicos para os peixes. As plantas são cultivadas por um sistema hidropônico que lhes permite utilizar essa mesma água. Elas utilizam os nutrientes, reduzindo ou eliminando a toxicidade da água para o peixe. A água, agora limpa, é devolvida ao aquário, e o ciclo continua.
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